Das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, Bau und Reaktorsicherheit (BMUB) ist für die NAJU (Naturschutzjugend im NABU) auf Bundesebene ein wichtiger Partner. Es fördert regelmäßig von der NAJU beantragte Projekte. Die Zusammenarbeit mit dem BMUB geht aber weit darüber hinaus. Es finden auch fachliche Austausche zb. zu den Erneuerbaren Energien im Jugendbündnis Zukunftsernergie (JBZE) statt.

Das Bundesministerium für Familie, Senioren, Frauen und Jugend (BMFSFJ) unterstützt die NAJU (Naturschutzjugend im NABU) auf Bundesebene aus Mitteln des Kinder- und Jugendplans. Es fördert damit die Struktur des Jugendverbandes und stellt einen der wichtigsten Fördergeldgeber dar.

Die NAJU (Naturschutzjugend im NABU) ist Mitglied im Deutschen Bundesjugendring (DBJR). Der DBJR ist ein starkes Netzwerk der Jugendverbände in Deutschland. In seinen 24 Mitgliedsverbänden, fünf Anschlussverbänden und den 16 Landesjugendringen sind rund 5,5 Millionen Jugendliche organisiert. Auf dieser breiten Basis repräsentiert der DBJR die Vielfalt jugendlicher Belange und Forderungen - gegenüber Parlament und Regierung und auch als Lobby für junge Menschen in der Öffentlichkeit. Dazu gehört auch die Zusammenarbeit in der internationalen Jugendpolitik mit Jugendorganisationen im Ausland.

Die Deutsche Bundesstiftung Umwelt (DBU) fördert regelmäßig Projekte der NAJU (Naturschutzjugend im NABU), zuletzt

"Ein Weißstorch auf Weltreise".

Auch die Michael Otto Stiftung unterstützt die NAJU (Naturschutzjugend im NABU) regelmäßig. Zuletzt bei der Durchführung des Bundescamps zur Energiewende, was im Sommer 2014 stattfand.

Zudem ist die NAJU mit zwei Vertreter*innen im Jugendkuratorium der Stiftung zur Förderung der aqua-projekte vertreten.

Youth and Environment Europe (YEE) ist ein Zusammenschluß von über 50 Verbänden im Jugendumweltbereich. Die Mitgliedsorganisationen kommen aus 28 verschiedenen Ländern Europa’s und angrenzender Regionen. Ziel von YEE ist, Jugendliche zu einem Engagement für die Umwelt zu ermutigen und eine Plattform für Zusammenarbeit und Austausch zu schaffen.

Von der Mitgliederzahl her ist die NAJU (Naturschutzjugend im NABU) der größte Mitgliedsverband. Ein gemeinsames Projekt mit YEE war die Entwicklung der Internetplattform www.eurotope.net , gefolgt vom Projekt “Biodiversity On the Edge”. Für NAJU-Aktive gibt es über YEE außerdem die Möglichkeit, an spannenden internationalen Trainingskursen, Austauschen und Kampagnen teilzunehmen.

Die NAJU (Naturschutzjugend im NABU) ist seit dem Jahr 2014 Mitglied der Arbeitsgemeinschaft für
Kinder- und  Jugendhilfe (AGJ). Die AGJ ist das Forum und Netzwerk bundeszentraler Zusammenschlüsse, Organisationen und Institutionen der freien und öffentlichen Jugendhilfe in Deutschland. Die rund 100
Mitglieder der AGJ arbeiten und wirken zusammen mit dem Ziel der jugend-
und fachpolitischen Kommunikation und Kooperation auf der Bundesebene,
aber auch im europäischen bzw. internationalen Kontext und bilden damit
ein fachpolitisch kompetent arbeitendes Netzwerk.

Die National Coalition steht für die Umsetzung der UN-Kinderrechtskonvention in Deutschland. In der National Coalition
haben sich derzeit rund 110 bundesweit tätige Organisationen und Initiativen aus verschiedenen gesellschaftlichen Bereichen
zusammengeschlossen mit dem Ziel, die UN-Kinderrechtskonvention in Deutschland bekannt zu machen und ihre Umsetzung voranzubringen. Diesem Netzwerk hat sich auch die NAJU (Naturschutzjugend im NABU) angeschlossen.